脉冲强光杀菌除了病源微生物以外，肉类中还有其他类微生物（如细菌、霉菌及酵母等）的存在威胁着产品的食用安全性和货架期。利用脉冲强光处理可以实现对该类腐败菌的有效灭活，在很大程度上起到了对食品保鲜保质的作用。脉冲剂量对微生物灭活有着一定的影响，如1.27J/cm2和0.46J/cm2的单脉冲剂量处理生鸡腿肉时发现，弯曲杆菌分别减少了2.09log CFU/cm2和1.78log CFU/cm2、经过3J/cm2 和10J/cm2 剂量的脉冲强光处理后，猪肉表面的荧光假单胞菌减少量分别为0.8log CFU/g和1.5log CFU/g，灭活率分别为16%和30%。并且菌落的种类和密度也与灭菌率有关，如利用8J/cm2 的脉冲能量处理干腌肉时，其表面微球菌和葡萄球菌的数量下降了2.39log CFU/g，霉菌和酵母的数量下降了1.17log CFU/g，大肠杆菌全部灭活。而菌落密度过大会引起所谓的“拖尾效应”，该效应使得微生物的灭活曲线呈现S型，即当灭菌速率达到峰值后，此时随着剂量的增加，灭菌率明显下降甚至为0。除此之外还发现，微生物在发酵香肠中的存活时间与脉冲强光处理之间的间隔越长，该过程的致死性越低。如在发酵的萨拉米香肠切片表面微生物接种后60s内进行单脉冲强光杀菌处理与间隔时间延长至 30min相比，灭菌率增加 50%。